关卡设计融合了历史战役的复杂性和策略性，为玩家提供了丰富的挑战体验。游戏中的关卡主要分为历史战役、剧情关卡和挑战模式三大类，总数超过百余个。历史战役从黄巾之乱到三国鼎立，再到南征北战，涵盖了数十个经典战役，如赤壁之战、官渡之战和五丈原之战。这些战役不仅还原了历史背景，还通过不同的胜利条件和战斗地图考验玩家的战术布局能力。剧情关卡则通过精心编织的故事线，让玩家在完成任务的同时深入理解三国历史和人物关系，而关键选择还会影响剧情走向，增强了游戏的代入感。挑战模式则包括限时挑战、极限生存等高难度玩法，对玩家的操作技巧和策略布局提出了极高要求。
历史战役是游戏的核心挑战之一，玩家需要根据战役特点选择合适的武将和兵种，合理布局才能取胜。例如赤壁之战中，玩家需利用火攻和水战优势，而官渡之战则考验资源调配和持久战能力。这些战役不仅难度较高，还具有一定的教育性，玩家在挑战过程中能学习到大量历史知识。剧情关卡的挑战则更多体现在剧情分支和任务设计上，玩家需要权衡不同选择带来的后果，甚至可能触发隐藏结局。挑战模式的极限玩法则是检验玩家实力的终极试炼，成功通关后不仅能获得丰厚奖励，还能在排行榜上留下名号。
高级资源地的占领也是玩家面临的重大挑战之一。游戏中的资源地分为1-10级，等级越高，占领难度越大。例如8级地需要玩家使用刘备、关羽和张飞的组合，搭配28000兵力才能稳定攻占，而9级地则对武将等级和战法配置提出了更高要求。这些高等级资源地的守军通常具备强力战法和兵种搭配，玩家需通过侦查分析敌情，利用兵种克制和地形优势才能降低战损。部分极限玩家甚至会尝试以低兵力越级挑战，但成功率极低，需要极高的操作技巧和运气成分。
同盟攻城和码头争夺则是团队协作的极限挑战。游戏中城池和码头是连接各州郡的战略要地，攻占需要多人配合和精密战术。攻城时需先派遣1兵侦查守军队列，再调动主力部队集中突破，而码头因地形狭窄，攻防双方往往陷入拉锯战。这类玩法不仅考验个人实力，更注重团队指挥和资源调配，部分顶级同盟甚至会制定详细的作战计划，分批次投入兵力以消耗守军体力。
三国志战略版的关卡设计通过历史还原、策略深度和团队协作三个维度，为玩家提供了层次分明的挑战体验。无论是单人挑战的历史战役，还是多人协作的攻城略地，都需要玩家不断优化战术和配置，才能突破极限。游戏的难度曲线较为平滑，但高级关卡仍需要大量练习和资源积累，适合热爱策略与历史的玩家长期钻研。
