保卫萝卜2中的堡垒关卡是该游戏最具特色的玩法之一，与普通关卡相比具有显著不同的机制和挑战。这类关卡的核心目标是摧毁地图上的怪物堡垒而非单纯防守，玩家需要在抵御怪物进攻的同时集中火力攻击堡垒。堡垒关卡通常不设时间限制，但会要求玩家在特定时间内完成隐藏任务或消灭足够数量的怪物，这种设计使得战术布局更具自由度。由于堡垒本身会持续生成怪物，玩家必须平衡防守与进攻的资源分配，避免因专注攻击堡垒而忽略防线漏洞。
堡垒关卡的地形设计往往更为复杂，会刻意设置障碍物阻挡炮塔射程或分割战场区域。玩家需优先清除地图上的道具来获取隐藏炮塔和金币奖励，这些道具可能包含太阳花、飞机炮塔等关键火力支援。部分道具清除后还会解锁新的炮塔位置，为后期对抗高波次怪物创造战略纵深。堡垒的血量极高且仅在所有道具清除后才会受到伤害，因此快速清理地图是通关的前置条件。
炮塔选择方面需兼顾范围伤害与单体爆发，魔法球、船锚塔和手电筒因其穿透或溅射效果成为主力。减速类炮塔如月亮塔必须精确布置在路径拐点，以延长怪物在火力覆盖区的停留时间。针对堡垒的特殊机制，建议在靠近堡垒的位置集中放置高攻速炮塔如瓶子炮，而将范围型炮塔分散部署应对怪物潮。资源管理上应优先升级少数核心炮塔而非盲目扩建，确保关键节点能抵挡突然出现的高强度怪物波次。
额外任务的完成时机直接影响例如清除指定数量道具或限制某类炮塔使用数量等要求，必须在前期规划时就纳入考量。部分隐藏任务如寻找特定数量炮塔需要记忆道具分布规律，这要求玩家对地图结构有预判能力。当进入最终攻击堡垒阶段时，可适当出售边缘位置的防御塔将资源集中于堡垒周边，但需保留基础防线防止漏怪。通过反复调整炮塔类型的位置与升级顺序，最终形成既能压制怪物又能持续消耗堡垒的立体火力网。
